Eirunepé já registro 2.338 casos de Malária de Janeiro a Abril de 2012.

O munícipio de Eirunepé foi um dos sete municípios do Amazonas que não obteve êxito no PPACM (Plano Plurianual das Ações de Controle da Malária). Desde 2010 vem ocorrendo um aumento significativo no numero de casos de malária, tendo sido o maior incremento desde 2010 ate os dias atuais de 2012 dentre os 62 municípios do amazonas. Segundo Brenda Marcela que é coordenadora do Núcleo de Educação em Saúde e Mobilização Social, os fatores que contribuem para esse crescimento são a grande quantidade de criadouros de anafelinos, o grande fluxo de pessoas infectadas que transitam entre a zona rural e a zona urbana do município, além do abandono de tratamento pela população, em função do alcoolismo e o alto índice de recusa por parte da população da Borrifação Intradomiciliar.
  O Gerente da FVS em Eirunepé Manoel João. de Souza disse que um dos grandes problemas encontrados por ele é a falta de transporte fluvial e terrestre suficiente, falta de funcionários administrativos, não terem um ponto de internet próprio, falta de computadores, pois os dois únicos que exsitem estão empresatados pela SEDUC.

Disse também que seria muito bom uma integração na parceria entre a SEMSA, FVS, CASAI entre outras) e que não se encontra com frequência nas comunidades ribeirinhas a presença de ACS (Agentes Comunitários de Saúde) e que a falta de uma parceria ativa da SEMSA,  prejudica muito o desenvolvimento de uma ação mais eficaz para que possa se fazer um trabalho de qualidade na zona urbana e rural de Eirunepé. “Trêm”, como é conhecido o gerente da FVS em Eirunepé informou também que já disponibilizou seu cargo ao prefeito de Eirunepé. Pois a única parceria que ate hoje vem sendo cumprida é com a secretaria de Educação e o IBGE, que disponibiliza a internet para que sejam transmitidos e executados os serviços da FVS.

Atualmente o município de Eirunepé possui 07 laboratórios na zona rural e 04 laboratorios na zona urbana e serão implantados mais 08 ate o fim do ano. São eles:

Zona Rural:

01 no Rio Juruá, na Comunidade Vila União, 01 no Rio Eiru, na Comunidade Mourão, 01 no Rio Gregorio, na Comunidade Lago Grande, 03 no Rio Itucumã, nas comunidades Barçal, São Pedro, e Alves.

Zona Urbana:

·         Hospital Regional Batista Marques.

·         UBS-Batista Marques.

·         UBS-Ponce de Leão.

·         UBS-Padre Antônio Cremer.

Os próximos laboratórios serão implantados nas localidades de Santo Antônio, no Rio Gregório, Deus é Pai, e Aprígio no Rio Eiru/alto, Mochila no Rio Gregorio Alto, Ubim, no Gregorio médio, Praia da Cacaia, no Rio Juruá Baixo e Barracãozinho no Igarapé Preto.